Najnowsze wytyczne dotyczące farmakoterapii miastenii obejmują stosowanie leków immunosupresyjnych (azatiopryna, mykofenolat mofetilu – tzw. MMF, takrolimus – tzw. FK-506). Hamują one produkcję przeciwciał.

Azatiopryna powinna być stosowana, podobnie jak cytostatyki, przez co najmniej 6 tygodni w przypadku braku poprawy po terapii glikokortykosteroidami. Podczas długotrwałej terapii azatiopryną należy kontrolować ilość trombocytów we krwi oraz funkcję nerek ze względu na nefrotoksyczność opisanego leku.

Farmaceutyk o nazwie skróconej MMF, to ester 2-morfolinoetylowy kwasu mykofenolowego hamujący produkcję puryn w aktywnych limfocytach T i B oraz blokujący mechanizm ich proliferacji. Lek ten jest mało toksycznych, nie wywołuje efektów mutagennych. Podczas leczenia preparatem MMF wykazano remisję objawów miastenii zwłaszcza w przypadkach lekoopornych.
Preparaty zawierające takrolimus hamują przede wszystkim aktywację limfocytów T oraz zapobiegają produkcji przeciwciał.

Inne leki standardowo stosowane w miastenii, to:

• immunoglubuliny G (IgG) – są one podawane dożylnie przez kilka dni; następnie prowadzona jest farmakoterapia podtrzymująca polegająca na podawaniu IgG co miesiąc przez pół roku,
• kortykosteroidy (prednizon, metyloprednizolon) – leki te powinny być stosowane minimum przez pół roku oraz odstawiane przez co najmniej 2 tygodnie, stopniowo zmniejszając dawkę, cytostatyki (metotreksat, cylofosfamid) – stosuje się je co najmniej przez 6 tygodni, w przypadku braku poprawy po glikokortykosteroidach; należy jednak pamiętać o hepatotoksyczności tych leków,
• leki cholinergiczne (pirydostygmina, ambenonium, neostygmina) – są one stosowane zazwyczaj jako leki dodatkowe w leczeniu skojarzonym (np. z lekami immunosupresyjnymi lub immunoglobulinami G); podawane są około pół godziny przed jedzeniem niwelując problemy związane z przeżuwaniem pokarmu i jego połykaniem.