Zdarzały się przypadki, że osoby z autoimmunologicznym zapaleniem mózgu wyzdrowiały w sposób spontaniczny. Jednak są to przypadki sporadyczne. Jeżeli autoimmunologiczne zapalenie mózgu nie jest leczone zwiększa się ryzyko śmierci. Zastosowania immunoterapii oraz usunięcie ewentualnego guza daję szansę wielu chorym nawet na pełen powrót do zdrowia. 75 procent osób z autoimmunologicznym zapaleniem mózgu z obecnością przeciwciał anty-NMDAR wraca w pełni do zdrowia lub ma niewielkie deficyty ( wymagane jest oczywiście odpowiednie leczenie ).

W ramach diagnostyki różnicowej autoimmunologicznych zapaleń mózgu anty-NMDAR należy również uwzględnić choroby neurometaboliczne:
- porfirię ( jednym z objawów może być psychoza )
- choroby mitochondrialne
- choroby związane z metabolizmem aminokwasów ( głównie dzieci )
- choroby związane z metabolizmem kwasów organicznych ( głównie dzieci )

Osoby z autoimmunologicznym zapaleniem mózgu z obecnością przeciwciał anty-NMDAR często znajdują się w ciężkim stanie i trafiają na oddział intensywnej terapii. Niekiedy spędzając tam długie tygodnie czy miesiące. Niewydolność oddechowa wymagająca mechanicznej wentylacji, niewydolność krążeniowa wymagająca masażu serca, śpiączka itp. Pamiętajmy, że od opieki na oddziale intensywnej terapii w dużej mierze zależą szansę na przeżycie danej osoby. Pacjenci nawet ze stanu krytycznego mogą w pełni wrócić do zdrowia i tak się dzieje w większości przypadków. Jeżeli immunoterapii pierwszego rzutu nie działa, a pacjent jest w złym stanie trzeba szybko przejść do immunoterapii drugiego rzutu ( rituksimab i/lub cyklofosfamid ). Warto również u młodych kobiet bardzo intensywnie szukać potworniaka jajnika.

W ramach diagnostyki różnicowej autoimmunologicznego zapalenia mózgu z obecnością przeciwciał anty-NMDAR bierze się również pod uwagę Stwardnienie Rozsiane.

Rituksimab jest to lek immunosupresyjny wykorzystywany w leczeniu autoimmunologicznego zapalenia mózgu np. z obecnością przeciwciał anty-NMDAR w ramach immunoterapii drugiego rzutu. Lek przyjmowany jest raz w tygodniu przez miesiąc czyli 4 dawki. Może być stosowany samodzielnie lub w połączeniu z cyklofosfamidem. Niektórzy sugerują, żeby włączyć rituksimab do immunoterapii pierwszego rzutu. Lek skuteczny.

Plazmafereza czyli zabieg wymiany osocza stosuje się w leczeniu autoimmunologicznych zapaleń mózgu np. z obecnością przeciwciał anty-NMDAR w ramach immunoterapii pierwszego rzutu. Polega na usunięciu z krwi przeciwciał odpowiedzialnych za objawy choroby. Celem plazmaferezy jest zmniejszenie w krótkim czasie obciążenia organizmu przeciwciałami.

Osoby z autoimmunologicznym zapaleniem mózgu mogą mieć problemy z chodzeniem oraz utrzymaniem równowagi. Niekiedy ich chód wymaga pomocy osób drugich. W niektórych sytuacjach mogą być mylnie postrzegani jako osoby pod wpływem alkoholu.

Autoimmunologiczne zapalenie mózgu z obecnością przeciwciał anty-NMDAR może naśladować schizofrenię.

Autoimmunologiczne zapalenie mózgu z obecnością przeciwciał anty-NMDAR może naśladować złośliwy zespół neuroleptyczny.

Po zabiegu transplantacji może wystąpić autoimmunologiczne zapalenie mózgu.
Przeszczep może dotyczyć organów lub komórek krwiotwórczych ( hematopoietic cell transplant ).
Osoby z autoimmunologicznym zapaleniem mózgu po transplantacji dobrze reagują na immunoterapię.
Immunoterapia w takich przypadkach może obejmować: dożylny metyloprednizolon, dożylną immunoglobulinę, wymianę osocza, rituximab, cyklofosfamid, cyklosporynę, mycophenolate.
O zastosowanych środkach oraz ich kombinacji decyduje oczywiście lekarz.
Generalnie lekarze oraz rodziny pacjentów powinni mieć świadomość, że po przeszczepie może pojawić się u danej osoby autoimmunologiczne zapalenie mózgu i pomocna może być immunoterapia.