Szczelina Rathkego powstaje u niektórych osób w sytuacji gdy proliferująca ściana przednia kieszonki nie wypełnia jej całkowicie a pozostaje jedynie szczelina. W przypadku niektórych pacjentów z różnego rodzaju torbielowatych pozostałości kieszonki, może dojść/ rozwija się łagodny nowotwór o nazwie czaszkogardlak.