Na skutek dostanie się prątków do przestrzeni podpajęczynówkowej, dochodzi do rozwoju zapalenia (powstaje gęsty, galaretowaty wysięk), co w konsekwencji prowadzi do uszkodzenia nerwów czaszkowych oraz zahamowania krążenia płynu mózgowo- rdzeniowego. U pacjentów pojawia się ból głowy, nudności, ból oczu, senność, wymioty, nudności, problemy z widzeniem czy mową.

Zapalenie może rozwijać się z różną intensywnością (od łagodnej po bardzo ostrą). Kluczową rolę odgrywa jak najszybsze zdiagnozowanie choroby oraz podjęcie leczenia. Pacjent przebywa w tym czasie na oddziale szpitalnym.