Patogeneza tych zmian jest złożona, mogą zostać wywołane tym samym czynnikiem który wywołał padaczkę lub powstają w wyniku częstych napadów toniczno–klonicznych (np.po przebyciu stanu padaczkowego), następowego obrzęku mózgu i wgłobieniu hipokampa po epizodach drgawkowych. Rodzaj i nasilenie zaburzeń poznawczych i emocjonalnych ma przyczynowy związek z rozległością i umiejscowieniem uszkodzenia mózgu.

Istotną rolę w patogenezie objawów poznawczo-chartakteropatycznych odgrywa też przewlekła toksyczność lekowa na którą narażeni są zwłaszcza chorzy leczeni więcej niż jednym lekiem.

Niekiedy przyczyną wtórnych zmian organicznych w mózgu są skutki urazowe związane z upadkami chorych w trakcie napadów i ciężkimi obrażeniami czaszkowo-mózgowymi. Częstość występowania wyraźnych zmian ocenia się na 5-10%.

Współistnienie zmian poznawczych i emocjonalnych obciąża ujemnie zarówno rokowania społeczne jak i medyczne, chorzy często w takich okolicznościach rezygnują z systematycznego leczenia i nadużywają alkoholu.