Główną przyczyną Anomalii Kimmerlego jest niedrożność rowka tętnicy kręgowej co doprowadza w konsekwencji do silnego upośledzenia krążenia kręgowo- podstawnego. Należy podkreślić, iż dochodzi jednocześnie do podrażnienia poszczególnych struktur nerwowych.
 
Anomalia Kimmerlego dotyka zarówno mężczyzn jak i kobiety, najczęściej pomiędzy trzecią a czwartą dekadą życia. Najczęściej występującym objawem jest ból głowy (szczególnie w okolicy tylnej) oraz karku. Ból głowy może być jedno- lub dwustronny. Może to być ból kłujący, rwący, tępy bądź inny rodzaj. Jest to kwestia indywidualna dla każdego pacjenta. Osoby chore bardzo często opisują, iż ból ten przemieszcza się od tyłu głowy ku jej szczytowi.
 
Bólowi głowy bardzo często towarzyszą zawroty głowy, problem z utrzymaniem równowagi, omdlenia, nudności, sporadycznie wymioty, mrowienia bądź drętwienia kończyn oraz twarzy, krótkotrwałe problemy ze wzrokiem i wiele innych.

Zdarzają się przypadki, iż osoba dotknięta Anomalią Kimmerlego ma szereg objawów charakterystycznych dla tej choroby ale nie towarzyszą jej bóle głowy. Dolegliwości pojawiają się najczęściej rano, choć zdarzają się bóle popołudniowe.