Niekiedy trudno jest stwierdzić utratę pamięci krótkotrwałej u osób z autoimmunologicznym zapaleniem mózgu z obecnością przeciwciał anty-NMDAR ze względu na problemy z mową, z posługiwaniem się językiem, komunikacją i ciężkie objawy psychiatryczne występujące u tego typu pacjentów.

Większość form autoimmunologicznego zapalenia mózgu odpowiada na immunoterapię.
Chociaż mocna immunosupresja przez tygodnie lub miesiące może być wymagana w trudnych przypadkach.

Autoimmunologiczne zapalenia mózgu mogą nawracać.

Szukanie nowotworu i w razie potrzeby jego leczenie jest wymagane w przypadku autoimmunologicznych zapaleń mózgu.

Autoimmunologiczne zapalenia mózgu ciężko zdiagnozować.

W przypadku podejrzenia autoimmunologicznego zapalenia mózgu należy przeprowadzić szerokie testy diagnostyczne pod względem czynników zakaźnych mogących wywołać zapalenia mózgu czyli wirusów, bakterii, itp. oraz należy co jest kluczowe przebadać WIELE różnych przeciwciał antyneuronalnych.
Takie podejście może doprowadzić do prawidłowej diagnozy.

Autoimmunologiczne zapalenia mózgu możemy podzielić na dwie grupy:
Pierwsza to klasyczne zespoły paranowotworowe związane z przeciwciałami skierowanymi przeciw wewnątrzkomórkowym antygenom takimi jak anty-Hu.
Cechy tego typu autoimmunologicznych zapaleń mózgu:
- silny związek z nowotworem
- słabe prognozy
- śmierć neuronów czyli zmiany nieodwracalne
- powiązany nowotwór jest ciężki
- problemy z kontrolowaniem odpowiedzi układu odpornościowego
Druga grupa to autoimmunologiczne zapalenia mózgu z obecnością przeciwciał przeciwko antygenom zewnątrzkomórkowym np. anty-NMDAR.
Cechy tego typu autoimmunologicznych zapaleń mózgu:
-prognozy dużo lepsze
- zmiany odwracalne
- relatywnie nie wiele neuronów ginie
- często dobra odpowiedź na immunoterapię
- zmienny związek z nowotworami, chociaż też są silne powiązania np. autoimmunologiczne zapalenie mózgu z obecnością przeciwciał anty-NMDAR i potworniak jajnika

Psychoza powiązane przeciwciała:
- anty-NMDAR
- anty-AMPAR
- anty-GABA-B-R

Pojawienie się pierwszy raz cukrzycy typu 1 powiązane przeciwciało:
- anty-GAD
Jeżeli u osoby cierpiącej na autoimmunologiczne zapalenie mózgu pierwszy raz pojawi się cukrzyca typu 1 ( new onset type 1 diabetes ) to trzeba szukać przeciwciała anty-GAD.

Nadpobudliwość żołądkowo-jelitowe powiązane przeciwciało:
- anty-DPPX
Autoimmunologiczne zapalenia mózgu z obecnością przeciwciał anty-DPPX
( anty-DPPX encephalitis )